Lidyalıların ardından kente egemen olan Pers Kraliçesi Amastris’in adını verdiği ve çeşitli medeniyetlere ev sahipliği yapan Amasra`da, birçok arkeolojik ve etnografik eserin bulunması üzerine 1969`da eski bir ilkokul binasında hizmete açılan müze, 1882 yılında Bolu Mutasarrıfı İsmail Kemal Bey tarafından yaptırılmaya başlanan ancak inşası yarım kalan Bahriye Mektebi`nin 1975`te Kültür ve Turizm Bakanlığınca satın alınmasının ardından 1982`de yeni yerine taşındı.