Zincirin gerçek mi olduğu yoksa daha sonra kullanılan ya da Osmanlı döneminde yeniden dövülerek zincirleştirilen bir hurda zincir parçası mı olduğu konusu bilim dünyasında tartışılmaktadır. Ancak Marmara Üniversitesi Türkiyat Araştırmaları Enstitüsü Türk Sanatı Anabilim Dalı öğrencisi iken "Haliç Zinciri Problemi" konulu tezini daha sonra geliştirerek Kültür ve Turizm Bakanlığı`nın İstanbul Restorasyon ve Konservasyon Merkez Laboratuarı Müdürlüğü`nde görevli iken Haliç Zinciri adıyla kitaplaştıran Uğur Genç, müzelerde sergilenen zincirin “Haliç Zinciri” olduğu yönündeki şüpheleri de bertaraf ettiğini şu sözleri ile savunmaktadır: “Haliç Zinciri’nin müzelerdeki zincir olduğu konusunda içimiz tamamen rahat. Fatih, özellikle bu zinciri bilinçli bir şekilde saklamıştır. Zincir, dövme demirden yapılmış, yani karbon özelliği kazanmış bir demirdir. Yakın bir zamanda yapılmış olamaz. 17. yüzyıldan sonra böyle bir şey yapmak istiyorsanız çok uğraşmanız lazım. O sebeple bu ortaçağ teknolojisiyle yapılmış ve gerçekten limanı sarmış zincirdir.”