Müzenin ana girişi Üçler Mezarlığı karşısındaki turnikelerden sağlanıyor. Avlusunda derviş hücreleri ile matbah ve Hürrem Paşa Türbesi yer alıyor. Avluya Yavuz Sultan Selim`in 1512 yılında yaptırdığı üzeri kapalı şadırvan ile "Şeb-i Arus" havuzu ve kuzey yönünde yer alan selsebil adı verilen çeşme, ayrı bir renk katıyor.