Yerebatan Sarnıcı içerisindeki kolonlarda, duvarlarda ve tonozlarda gerekli güçlendirme çalışmaları restorasyon projesi ve raporu doğrultusunda tekniğine uygun olarak yapıldı. Dört yıllık çalışamaların ardından sarnıç yapısının giriş ve çıkış yapıları yeniden düzenlendi. Sarnıcın giriş kısmının küçüklüğü sebebiyle, sokak boyunca uzayan ziyaretçi kuyruğunu ortadan kaldırmak için, restorasyon kapsamında giriş alanı cam saçak ile kapatılarak bir bekleme alanı oluşturuldu. Sarnıcın çıkış yapısında da gerekli plan tadilatı yapılarak müzeye daha uygun bir çıkış düzenlemesi yapıldı. Restorasyon kapsamında; özellikle yağışlı havalarda, sarnıcın tavan kısmından ziyaretçilerin yürüme alanlarına yüksek miktarda su sızıntısı olması nedeniyle, ziyaretçilerin güvenliğini tehlikeye atan bölgelere yalıtım uygulaması yapıldı. Yapının betonarme platformu kaldırıldı ve yerine modern malzemeler kullanılarak inşa edilen yeni bir platform yerleştirildi.