Tokat Yağıbasan medresesi halk arasında Çukur Medrese olarak bilinmektedir.

Tokat'ın Niksar ilçesinde bulunan Yağıbasan Medresesi, kapalı avlulu Anadolu medreselerinin ilk örneklerindendir.

Yağıbasan medresesinin yapılış tarihi 1151 ve1152 yıllarıdır. Medrese içerisinde o dönemde tıp eğitimi verildiği bilinmektedir. Yapının giriş kısmında medreseye ait kitabe yer almaktadır. Bu kitabenin meali şu şekildedir: “Bu mübarek bina, el melik el âlem, el adil ebu-l Muzaffer Yağıbasan bin Melik Gazi bin Melik Danişment’in emri ile h.552 senesinde yapılmıştır.”

Danişment Beyliği yönetcilerinden Melik Ahmet Danişment Gazi'nin torunlarından Nizameddin Yağıbasan tarafından yaptırılan medresenin Anadolu'nun ilk Türk İslam üniversitesi olduğu varsayılmaktadır.

Yağıbasan medresesi halk arasında Çukur medrese olarak da bilinir. Yağıbasan Medresesi, moloz taştan yapılmış, kapalı bir avluya sahiptir. Revaksız ve iki eyvanlı plana sahip olan medrese, Niksar Kalesi'nin içinde yer almaktadır. Kalenin içinde yer almasından dolayı medrese duvarlarının bir bölümü, kale duvarlarına yaslanmıştır.

Medrese, kapalı avlulu Anadolu medreselerinin ilk örneklerinden biri olması açısından önemlidir. Avluyu örten 14 m çapındaki kubbenin ortası açıktır. Yanlarda küçüklü, büyüklü tonozlu odalar, giriş eyvanının karşısında mescit ve dershane işlevindeki ana eyvan yer alır.

Niksar’da bulunan Yağıbasan medresesi (1157/1158) ise Tokat’taki medrese gibi kapalı avlulu medreseler planında ve yaklaşık 11 m çapında bir kubbeyle örtülüdür. Bir bölümü Niksar Kalesi’nin duvarlarına yaslanan medresenin Doğu ve Kuzeyinde iki eyvan, Batı’sında beşik tonozlu küçük mekânlar vardır. Her iki medrese de yalın, süslemesiz örneklerdir.Medresenin portal ve kaplama taşları sökülmüştür. Selçuklu Sultanı II. İzzettin Keykavus döneminde 1247 senesinde onarımdan geçmiştir. O günden sonra yüzyıllar boyunca ihmal edilmiştir ve harap hale gelmiştir. Osmanlı döneminde ise göçmen barınağı olarak kullanılmıştır. 1939 ve 1942 yıllarında bölgede yaşanan depremler, kubbede çok büyük hasara yol açmıştır. Büyük bir kısmı yıkılan Yağıbasan Medresesi, aslına uygun şekilde restore edilmiştir ve turistleri ağırlamaktadır.